Základní odborné a výzkumné zaměření LAE spočívá v hodnocení ekologických funkcí krajiny a vlivu zemědělského hospodaření, hodnocení funkce vegetace a její význam pro disipaci sluneční energie, vodní režim a kvalitu povrchových vod, hydrochemické a pedochemické procesy apod. Předmětem výzkumu je prohloubení znalostí o funkčních procesech určujících stav klíčových ekosystémů a uplatnění holistických kriterií k posouzení vlivu a dopadů zemědělského hospodaření v krajině. To předpokládá kontinuální pozemní monitoring vybraných parametrů propojený s průběžnou analýzou dat dálkového průzkumu Země (družicové a letecké snímání povrchu krajiny) a synteticky zpracovaný v prostředí GIS.
Dosavadní výsledky výzkumu ukázaly reálné možnosti aplikovat tyto postupy v krajinném managementu, pro přípravu dokumentace územního plánování (ÚSES, ÚPD), pro efektivní plánování a realizaci rekultivačních postupů, pro stanovení parametrů stavu ekosystémů v plánech péče o chráněná území apod.