Entomopatogenní a mykoparazitické mikroskopické houby představuji velmi významnou obligátní složku půdní mikroflory. Funkční (trofický) statut uvedené skupiny hub je však podstatně širší, protože kromě parazitické vazby na řadu hmyzích škůdců (entomopatogenní houby) nebo původců houbových onemocnění rostlin (mykoparazitické houby), zaujímají v ekosystémech i klíčovou úlohu organizmů podílejících se na rozkladných procesech (saprotrofní organizmy). Nabízíme službu izolace a diagnostiky přítomnosti entomopatogenních a mykoparazitických mikroskopických hub v půdách a fyloplánu. Metody izolace jsou založeny na precizních laboratorních postupech využívajících selektivní techniky (selektivní umělé živné půdy, resp. metody tzv. „živých pastí“). Pomocí těchto metod lze v jakémkoliv půdním vzorku, resp. vzorku odebraném z nadzemních částí rostlin detekovat přítomnost vybraných druhů entomopatogenních nebo mykoparazitických hub a současně stanovit frekvenci jejich výskytu (= počet vitálních jednotek na 1g půdy, resp. rostlinné biomasy).

(Entomopatogenní houby – mikroskopické houby schopné vyvolávat primární onemocnění na hmyzích hostitelích; Mykoparazitické houby – schopné parazitace na jiných druzích mikroskopických (fytopatogenních hub, způsobující choroby rostlin).

Proces zahrnuje detekci konstruktu nesoucího gen pro fúzní protein (spi2 + GFP) v rostlinách tabáku, hodnocení exprese pomocí RT-PCR, izolaci exprimovaného proteinu a jeho kvantifikaci.

U transgenních rostlin tabáku, generace T2 bude vyvinut postup pro ověření přítomnosti transgenu na základě PCR detekce a dot-blot hybridizace (izolace genomické DNA, PCR se specifickými primery nebo dot-blot hybridizace s přímo značenou sondou získanou z plasmidu nesoucího cílový konstrukt). Pro hodnocení exprese bude vyvinut postup izolace mRNA a kvantifikace exprese – resp. úrovně transkripce pomocí RT-PCR. Postup rovněž zahrnuje izolaci exprimovaného proteinu, jeho identifikaci a kvantifikaci, hodnocení enzymové aktivity a hodnocení antimikrobiálních účinků fúzního proteinu (v in vitro a in vivo podmínkách).

Molekulární selekční markery mohou zásadním způsobem ovlivnit rychlost a úspěšnost šlechtitelského procesu a získání nových odrůd. Předpokladem pro úspěšný vývoj markeru je dostupnost kontrastních rodičovských linií a segregujících generacích pro sledovaný znak. Vývoj markeru pak spočívá v izolaci DNA, PCR analýze a identifikaci diskriminantních markerů, odvození specifických primerů a ověření stability a síly markeru na segregujících populacích.

Kultivace submerzních a povrchových kultur v řízených podmínkách (kapacita submerzní kultivace 40x100ml, 20x250 ml, 4x2000ml, kapacita povrchové kultivace – xset Petriček). Uchovávání matečných kultur v hlubokomrazicím boxu v v glycerinu nebo uchovávání kultur po lyofilizaci.

Metodický postup zahrnuje postupy izolace DNA z rostlinného materiálu a metody detekce a kvantifikace přítomnosti záměrně vnesené cizorodé DNA – transgenu. DNA je izolována dle příslušného protokolu z čerstvého materiálu (odebraného v laboratoři nebo v polních podmínkách a uchovávaného do doby izolace na ledu po dobu 2–4 hod) nebo z materiálu zamraženého (po odebrání materiál zamrazíme v tekutém dusíku a uchováváme při teplotě -80°C) či lyofilizovaného materiálu (vzorek zamrazíme při -80°C a následně lyofilizujeme, po lyofilizaci homogenizujeme a získaný prášek uchováváme při teplotě -20°C).

Detekce GMO je založena na multiplex PCR s použitím dvou sad primerů (amplifikaci úseku transgenu a amplifikace „interního standardu“ – vlastního rostlinného genu). Navržený metodický postup umožňuje specifickou detekci přítomnosti transgenu v DNA obsažené rostlinách a rostlinném materiálu, při multiplexové PCR získány 2 produkty – amplifikovaný úsek odpovídající detekovanému transgenu GNA a amplifikovaný úsek genu UDP signalizující „správný“ průběh PCR reakce. U netransgenní kontroly je pak získán pouze úsek odpovídající rostlinnému genu. Detekční limit reakce je 10% kontaminace transgenu (2,5 ng DNA transgenního organismu) ve vzorku.

Kvantifikace GMO je založena qRT-PCR postupu - analýza probíhá jako dvě uniplexové PCR reakce na jednom přístroji během jednoho experimentu. Primerové páry byly navrženy pro amplifikaci úseku transgenu a druhý primerový pár je navržen jako „interní standard“ pro amplifikaci úseku rostlinného genu. Analýza probíhá na přístroji MiniOpticon (BioRad) a detekční limit = 0,01% a kvantifikační limit = 0,05%.

Služba zahrnuje kompletní molekulární analýzu rostlinného materiálu, digitální obrazovou a statistickou analýzu získaných dat.

Metodický postup zahrnuje izolaci DNA (DNA je izolována z materiálu čerstvého, zamraženého, lyofilizovaného, vysušeného v silikagelu). DNA je možno izolovat mikroextrakčními metodami (komerčně dostupnými kity) nebo pomocí standardních metod izolace DNA. V dalším kroku probíhá vlastní analýzy molekulárních markerů – DNA fingerprinting. Podle povahy analýzy je možné navrhnout řadu přístupů – analýzu RAPD, SSR, ISSR, AFLP, detekci specifických genů, analýzu ITS, cpDNA, PCR-RFLP analýzu ITS nebo specifických amplikonů, klonování a sekvenování amplifikovaných fragmentů DNA..

Digitální obrazová analýza a statistická analýza zahrnuje vyhodnocení a interpretaci primárních molekulárních dat.

Určování různých druhů bezobratlých pro různé organizace (studenty, vysoké školy, AV ČR apod.). Určování škodlivých druhů v zemědělství a konzultace k dalším postupům (určení škodlivosti a opatření proti škůdcům).

Poradenství se pohybuje od chráněných území po území člověkem využívaná – např. těžební oblasti. Poradenství k naturovým územím nebo územím ohrožených činností člověka realizací různých investičních záměrů. (Poradenství pro AV ČR – Komise pro životní prostředí, Ministerstvo životního prostředí ČR, Správy chráněných území).

• Zpracování družicových dat a leteckých snímků
  • geometrické a radiometrické korekce dat
  • klasifikace dat
  • interpretace dat pro účely ekologických studií a analýzy krajiny
  • studie funkčních aspektů krajiny
  • analýza časových změn struktury a funkce krajiny
• Zpracování a analýza prostorových dat v prostředí GIS
• Interpretace starých mapových děl
• Analýza mikroklimatu a místního klimatu, bioklimatologie a mikrometeorologie
• Energetická bilance stanoviště a evapotranspirace a jejich ekologická interpretace

Jednotlivé analýzy:

• měření vodivost, pH, KNK
• měření obsahu O2
• stanovení obsahu rozpuštěných látek (včetně rybničních vod, stanovení sestonuchlorofylu,…)
• měření rozpuštěného a partikulovaného uhlíku (TC, IC, TOC, DOC)
• měření obsahu dusíku ve vodách (NH4+, NO2, NO3)